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1. ポンプの種類
ろ過は、ポンプを使用して、水を循環させることによって行われます。ポンプには、水を循環させるのにモーターを使うポンプ（モーター循環式）と、空気の浮力を利用するポンプ（エアーリフト式）とがあります。
エアーリフト式
筒の底の方の端から、筒の中に空気を送り込むと、空気は玉になり、玉より上に位置する水を押して出して行きます。この空気が浮上しようとする力を利用して、水を押し上げるという原理からなるものです。エアーポンプでフィルターに空気を送り込むことにより水を循環させます。安価な底面濾過装置や投げ込み式濾過装置には、この原理を利用して水を循環させているものが多くありますが、上部式フィターでも、このエアーリフト式ポンプを利用しているものもあります。
注意事項としては、万が一にでもエアーポンプの逆流事故が起こらないように、必ず水槽より高い位置に置くか、 逆流防止弁を付けるようにします。
エアーリフト式デメリット
振動と音が気になり、寝室などからはできるだけ離れたところに置かないと、眠れなくなったり、けっこうストレスになることがあります。
モーター循環式ポンプ
モーター循環式ポンプのメリット
エアーリフト式よりも音や振動が軽減されます。ただし、安価なクラスの飼育セットについているフィルターではエアーポンプ並みの騒音になってしまう場合もあります。モーター循環式ポンプのデメリット機種によってはモーターが水中で熱を発し、夏場に異常なほど水温が上がることがありますので、注意が必要です。
2. 夜間のポンプの使用について
エアーポンプの騒音が気になり、寝る時にエアーポンプを切っている人もいますが、夜の間エアーポンプを切ってしまうのはあまり得策ではありません。水草は昼間光合成をおこない、二酸化炭素吸って、酸素を吐き出していますが、夜は人間や動物の呼吸と同じように、酸素を吸って、二酸化炭素を吐き出す酸素呼吸に変わります。よって夜間の水槽内は、酸素を消費するようになりますので、酸素が不足する傾向にあります。エビなどが入っている水槽などは、特に酸欠には注意しなければなりません。
ポンプを使ってのろ過が必要なのは、昼間よりも、むしろ水草が酸素呼吸になる夜間こそ必要とも言えるのです。水草水槽によっては、照明消灯時（夜間）のみ、エアーポンプを作動させることもあります。ポンプの騒音の問題もあり、夜間はポンプを止めたいと思ってしまう場合も多いかもしれませんが、エアーポンプは、夜間も、止めないほうがいいと言えます。
3. エアーポンプにおける音の問題について
エアーポンプから生じる振動音については、最近では、同じ吐水量でも圧倒的に振動が少なく、静かなエアーポンプも出るようになりました。少なくとも、ポンプ自体がだす騒音については、最近のものは改良が進み、ほとんど問題にならないくらい静かになってきました。
もう１つ騒音の原因になっている音には、ポンプの作動力にポンプの重さが負けてしまい、床面に振動を発生させてしまう振動音があります。これはポンプの下に衝撃吸収材を置いたり布を敷いたり、ポンプを紐などで吊るしてしまうことにより、衝撃音をかなり緩和ないしゼロにすることができます。
エアーチューブを通してボコボコいう空気の音については、どんなに静かなエアーポンプでも、エアーチューブを通して音が外に漏れます。しかし、振動音が消えたことでかなり違います。ボコボコ言う音についてはアクアリウム生活における音として、受け入れていくようにしていく以外にないと言えます。