熱帯魚の主な生息地域としては、南米、熱帯・亜熱帯アジア、東西アフリカ、そして、オーストラリアやニューギニアが挙げられます。それぞれの各地域では、他の地域にはない特性を持った熱帯魚が、生息しています。
南米、ラテンアメリカ
アマゾン川とその支流を中心とした南米やラテンアメリカには、ネオンテトラ、グリーンネオンテトラなどをはじめとしたカラシン、シクリッド、コリドラスやプレコなどが生息していて、とりわけ多くの熱帯魚が生息しています。
この他にも、ブッシープレコ、ブラックアロワナ、プリステラ、ナノムス・エスペイ、マーブルハチェットフィッシュ、ピラニアナッテリィ、ブラックコロソマ、ディスカス、エンジェルフィッシュ、アスピトグラマ・アガジィ、ミクロゲオファーガス・ラミレジー、レタカラ・タイエリ、アストロノータス（オスカー）、バンジョーキャット、ウッドキャッドなど、数多くの熱帯魚の生息地になっています。
今なお現地採集のワイルド種が輸入されていて、まだまだ未知の熱帯魚が新種として登場する可能性のある地域です。
熱帯・亜熱帯アジアの熱帯魚
マレー半島、インドネシア・スマトラ島をはじめとした熱帯アジア、タイ、ベトナムは、ラスボラなどの小型コイ、ベタ・スプレンデンスなどのベタや、グラミーなどのアナバスの仲間たちが生息しています。
この他にも、ラスボラ・ヘテロモルファ、ゼブラダニオ、アカヒレ、アルジイーター、サイアミーズ・フライングフォックス、クラウンローチ、スカンクボディア、レッドプラティ、ブラックモーリー、ルビーアイ・ソードテール、チャカ・バンカネンシス、トランスルーセント・グラスキャット、ドワーフグラミー、クロコダイル・フィッシュ（アリゲーター・フイッシュ）、ゼブラシュリンプなどが棲息しています。
インドネシアのスラウェシ島などは、固有種の新種も発見される可能性も大いにありうる地域になっています。
東南アジアはまた、熱帯魚の産地としてだけでなく、熱帯魚が養殖が盛んな地域としても世界的に有名な地域です。
アフリカの熱帯魚
タンガニーカ湖やヴィクトリア湖、マウィ湖のある東アフリカは、世界有数の超巨大湖を有するアフリカン・シクリッドの宝庫となっています。また古代魚の楽園でもあり、肺魚やポリプテルスなど、極めて原始的な魚類が生息している重要な地域でもあります。
チャド湖周辺、ベヌエ川（ナイジェリア）流域、ガーナからカメルーンにかけての海岸線上に至る各水域には、アノマロクロミス・トーマシー、バルブス・カリプテルスなど、東アフリカとはまた異なった魚が生息しています。
コンゴ川流域には、サカナマズ、レオパードクテノポマなども棲息しています。
さらにアフリカン肺魚と言われる5種の肺魚は、それぞれナイル川流域、西部や南東部の川、コンゴー川流域、ビクトリア湖などに棲息しています。
オーストラリア・ニューギニアの熱帯魚
オーストラリアとニューギニアは、多彩な外見から人気があるレインボーフィッシュが唯一生息する地域です。
また、「オーストラリア・アロワナ」と言われているノーザン・バラムンディ、スポテッド・バラムンディの2種もこの地域に生息しています。
さらに「オーストラリア肺魚」とも呼ばれているもっと原始的な特徴を残していると言われている「ネオケラトドゥス（もしくはネオセラトドゥス、ネオセラトダス）」が残って生息しているのは、オーストラリア・クイーンズランド州南東部のメアリー川・バーネット川水系にのみと言われています。他の生息地に棲む肺魚よりも、もっとも原始的な特徴を残しているものとして知られています。